Glossaire 2: termes de zoologie générale, partie 2: classification du vivant, biogéographie, paléontologie

Ceci est la deuxième partie du second glossaire, qui regroupe les termes techniques de biologie dont l'usage n'est pas réservé à l'arachnologie. Vous trouverez le vocabulaire spécifique à l'arachnologie dans le glossaire 1.
Les mots en vert et en gras dans les articles sont cliquables et vous renverront vers l'un de ces glossaires.
Un mot en gras dans une définition indique que ce terme est lui aussi défini, ailleurs, dans le glossaire.
La biologie étant un domaine très vaste et riche en jargon, ce lexique s'est avéré extrêmement long, ce qui n'est pas pratique pour y retrouver facilement un mot. Il a donc été divisé en deux parties, celle-ci étant la seconde, qui inclut le vocabulaire de la biogéographie (les aires de répartition),et celui de la systématique, c'est-à-dire de la classification du vivant, ainsi qu'un lexique des abréviations courantes (sp., spp., ssp., gr. ...) en systématique.
Retrouvez la première partie, qui inclut le langage de l'écologie, de la biodiversité, des comportements et de la venimologie, ici.

1. Biogéographie :

Afrotropicale: Ecozone incluant l'Afrique subsaharienne, Madagascar, le sud de la Péninsule Arabique et les archipels situés autour de ces zones. On appelle aussi parfois cette écozone "Ethiopienne".

Les damans (Hyracoidea) ont une distribution afrotropicale, qui couvre l'Afrique et la Péninsule Arabique. Ils sont cependant absents des îles de l'Océan Indien, y compris Madagascar

Australasie: Ecozone incluant l'Australie et le nord-est de l'Océanie (Australie, Tasmanie, Papouasie, Nouvelle-Zélande, sud de l'archipel Indonésien). Les îles Fidji, la Polynésie et la Micronésie font partie d'un autre domaine, l'Océanien.

Biogéographie: Science consacrée à l'étude de la distribution géographique des organismes vivants et de son évolution.

Cosmopolite: à répartition mondiale ou presque. 

Steatoda grossa est une espèce cosmopolite et synanthrope.

Ecoprovince: subdivision d'une écozone qui présente un climat et une biodiversité caractéristiques au sein de celle-ci, tout en partageant avec les écoprovinces voisines les caractéristiques qui définissent l'écozone à laquelle elles appartiennent. Par exemple, le bassin Méditerranéen est une écoprovince distincte à l'intérieur de l'écozone Paléarctique.

Écorégion: subdivision d'une écozone, plus petite qu'une écoprovince, caractérisée par des conditions topographiques et climatiques particulières qui donnent un écosystème spécifique, distinct de tous les autres milieux de l'écozone, tout en présentant les caractéristiques typiques de la biodiversité qui définissent cette écozone. Par exemple, les forêts d'altitude de Corse représentent une écorégion spécifique au sein de l'écoprovince méditerranéenne, qui fait elle-même partie de l'écozone Paléarctique.

Ecozone: Partie de la surface terrestre constituant une unité écologique à grande échelle: toutes les régions situées à l'intérieur de cette écozone partagent des caractéristiques communes dans la composition de leur biodiversité, qu'on ne retrouve pas hors de celle-ci. Il existe huit grandes écozones continentales: Afrotropicale, Antarctique, Australasienne, Indo-Malaise, Néarctique, Néotropicale, Océanienne et Paléarctique. Chacune de ces écozones peut être subdivisée en entités distinctes plus petites (écoprovinces et écorégions).

Endémique: Se dit d'un taxon dont la distribution est restreinte à une zone géographique particulière.

Helleria brevicornis est une espèce de cloporte endémique du bassin tyrrhénien (Corse, Sardaigne, Massif des Maures-Esterel, nord-ouest de l'Italie)

Gondwanien: Se dit de taxons dont la distribution correspond à l'ancien supercontinent Gondwana, c'est-à-dire présents en Afrique (y compris Madagascar et les îles de l'Océan Indien), Amérique du Sud, sur le sous-contient Indien et en Australasie (l'Antarctique fait aussi partie du Gondwana, mais presque toutes les formes de vie qui l'habitaient ont disparu avec la formation de la calotte polaire).

La famille des Proteaceae présente une distribution principalement gondwanienne, et son histoire évolutive est profondément liée à celle du supercontinent

Holarctique: Se dit de taxons rencontrés dans toutes les régions tempérées de l'hémisphère nord (Amérique du Nord et Eurasie). La zone holarctique est constituée des écozones Néarctique et Paléarctique.

Le renard roux (Vulpes vulpes) a une distribution holarctique: on le retrouve dans les zones paléarctique et néarctique.

Indo-malaise: Ecozone qui inclut les régions tropicales du sous-continent Indien, du sud-est Asiatique et de la partie nord-est de l'archipel Indonésien.

Introduite: se dit d'un taxon dont la présence dans une région donnée est récente ET due à l'activité humaine. On peut aussi parler d'espèce exotique. Une espèce introduite peut, ou non, devenir invasive (on parle alors d'espèce exotique envahissante). Une espèce dont la présence récente dans une région s'inscrit dans une dynamique d'expansion spontanée (sans intervention humaine) ne sera pas considérée comme introduite ni invasive.

En France métropolitaine, Uloborus plumipes est une espèce introduite, présente dans les serres, les habitations, et parfois en extérieur dans le sud du pays. Bien que localement abondante, aucun impact négatif de sa présence sur les espèces locales n'a été observé pour l'instant; elle n'est donc pas considérée comme invasive.

Néarctique: Ecozone correspondant aux parties tempérées de l'Amérique du Nord (Canada, États Unis et la partie nord et centrale du Mexique). L'ours noir (Ursus americanus) est un exemple d'espèce à distribution néarctique.

Néotropical: Ecozone correspondant à l'Amérique du Sud, aux parties tropicales de l'Amérique centrale et du Nord (Floride et zones côtières du Mexique) et aux Caraïbes. 

Les caïmans (sous-famille des Caimaninae) ont une distribution strictement néotropicale

Paléarctique: Ecozone qui inclut l'Eurasie tempérée, l'Afrique du Nord et la moitié nord de la Péninsule Arabique.

Paléotropical: Grand domaine biogéographique qui inclut les zones Afrotropicale, Indo-Malaise et Australasienne.

Pantropical: Se dit d'un taxon présent dans toutes (ou presque toutes) les régions tropicales et subtropicales du monde.

Cyrtophora citricola est une espèce pantropicale, susceptible d'être trouvée dans toutes les régions tropicales et subtropicales du monde (y compris l'ensemble du pourtour méditerranéen)

2. Taxonomie, classification, évolution, phylogénie:

Adaptation: modification d'un état de caractère au sein d'une lignée, liée à des paramètres extérieurs (environnement, interactions, mode de vie, succès reproductif...) qui contraignent la sélection naturelle.

La morphologie de ce scinque fouisseur (Acontias meleagris) présente de nombreuses adaptations à une vie de fouisseur dans le sable: perte totale des pattes, écailles très lisses et imbriquées qui réduisent le frottement, crâne compact et épais, museau renforcé par une grande écaille épaisse, migration de la bouche vers le dessous de la tête, yeux et narines petits et enfoncés dans le crâne...

Analogues: en biologie de l'évolution, décrit des structures fonctionnellement similaires mais complètement différentes dans leur origine évolutive. Exemple: les pattes (appendices arthropodiens) des arthropodes et les "pattes" (membres chiridiens) des tétrapodes sont analogues dans leur fonction (locomotion), mais ont des origines évolutives et développementales différentes.

Apomorphie: État dérivé d'un caractère, c'est-à dire que ce qui constitue ce caractère est transformé chez un taxon ou un groupe de taxons par rapport à ce qu'il est chez le reste du groupe. On peut aussi dire "état de caractère apomorphe".

Dans ce cladogramme, l'état de caractère "chélicères labidognathes" est une apomorphie propre aux Araneomorphae.

Autapomorphie: État dérivé d'un caractère (apomorphie) qui ne se trouve que chez un seul taxon de l'échantillon. Comme cet état dérivé n'est pas partagé, il ne renseigne en rien sur les relations entre taxons, et n'est donc pas utile pour la phylogénie. En revanche, puisqu'il s'agit d'une caractéristique particulière à un taxon, il peut être utile pour l'identification et la taxonomie.

Caractère: Tout trait (anatomique, comportemental, moléculaire et/ou biogéographique) observable sur un organisme vivant, qui peut servir de critère de classification. D'un organisme à l'autre, un caractère peut présenter un ou plusieurs états, c'est-à-dire que la structure en question peut avoir été transformée ou perdue dans l'évolution de certaines lignées. Les caractères qui présentent plus d'un état possible, et dont au moins un de ces états est partagé par plusieurs taxons, sont utiles pour la phylogénie.

Clade: groupe monophylétique sur un arbre phylogénétique. Un clade est une "branche" d'un arbre phylogénétique, incluant au moins un nœud. Même si, par abus de langage, ce terme est souvent synonymisé avec "taxon", son usage n'a en fait pas beaucoup de sens quand il ne se réfère pas à un arbre particulier que l'on est en train de décrire.

Dans cette phylogénie, le groupe "Toxicofera" (en rouge) est un clade, le groupe nommé Iguania (en vert) aussi. Le clade Iguania est inclus dans celui des Toxicofera.

Cladogramme: Représentation en arbre (arbre phylogénétique) des relations de parenté entre taxons d'un échantillon, résultat d'une méthode de classification appelée phylogénie. Dans un cladogramme, la longueur des branches n'a pas d'importance. Si la longueur des branches représente un nombre de changements d'états de caractères, alors l'arbre n'est pas un cladogramme, mais un phylogramme. Si les longueurs de branches représentent des durées de temps, alors il s'agit d'un chronogramme.

Coévolution: Phénomène évolutif où une interaction (pollinisation, prédation, mutualisme, parasitisme, mimétisme...) entre organismes de lignées différentes et non directement apparentées, prendra une telle importance qu'elle influencera l'évolution de toutes les lignées impliquées, au point que leurs histoires évolutives respectives présenteront un pattern similaire.

Complexe: un groupe de taxons (presque toujours des espèces, plus rarement des genres) très étroitement apparentés et difficiles, voire impossibles, à différencier visuellement. Comme les taxons d'un complexe sont étroitement apparentés, celui-ci est lui-même un taxon; il est monophylétique, et tous les groupes de taxons semblables ne sont donc pas forcément des complexes. Quand on parle d'un complexe d'espèces, on peut noter l’abréviation gr. devant l'épithète spécifique, pour indiquer qu'il contient plus d'une espèce. Exemple: Eratigena gr. atrica.

La tégénaire noire (Eratigena gr. atrica) n'est pas une espèce, mais un complexe qui inclut trois espèces, E. atrica, E. duellica et E. saeva, qui ne se distinguent que par des critères génétiques et des différences ténues au niveau des pièces génitales.

Convergence évolutive: Phénomène évolutif où des taxons non apparentés présenteront des états de caractères similaires, mais obtenus par des voies différentes; ces états de caractère ne sont donc pas homologues, mais analogues. Le phénomène de convergence évolutive se produit fréquemment quand des lignées non apparentées s'adaptent à un même milieu ou mode de vie à forte contrainte adaptative.

Un serpent (Coronella austriaca), un orvet (Anguis fragilis) et un scinque fouisseur (Acontias meleagris), trois espèces de Squamates issues de lignées différentes, qui ont indépendamment  développé des caractéristiques similaires par convergence évolutive

Groupes-frères: Dans une phylogénie, des groupes plus proches entre eux qu'ils ne le sont chacun de tout autre groupe de l'échantillon.

Dans ce cladogramme, Mygalomorphae et Araneomorphae partagent une parenté plus proche qu'avec le reste de l'échantillon: ils sont groupes-frères, formant ensemble le groupe Opisthothelae. Le taxon Mesothelae est à son tour plus proche des Opisthothelae que du reste de l'échantillon, il est donc groupe-frère des Opisthothelae.

Homologue: en biologie, désigne des structures qui partagent une origine évolutive et développementale identique, même si elles peuvent (ou non) différer dans leur fonction et les modifications liées à cette fonction.
Exemple: le membre antérieur humain, l'aile du pigeon et la palette natatoire de la tortue-luth sont homologues. Il s'agit, dans les trois cas, d'un membre chiridien, une synapomorphie des tétrapodes.

Moléculaire (données moléculaires): Séquences génétiques (ADN/ARN) ou protéiques, ou codes entiers (génomes, transcriptomes, protéomes) utilisés comme caractères pour la phylogénie ou la taxonomie.

Monophylétique: Un groupe dont tous les représentants partagent une plus proche parenté entre eux qu'avec tout autre taxon extérieur au groupe, c'est à dire que tous ses membres sont issus d'un même ancêtre commun.  

Monophylie: Le fait d'être monophylétique.

Monospécifique: se dit d'un taxon (genre, famille...) qui ne contient qu'une seule espèce.

Cephalotus follicularis est la seule espèce du genre Cephalotus, et de la famille des Cephalotaceae, qui sont donc tous deux monospécifiques.

Monotypique: se dit d'un taxon qui n'inclut qu'un seul taxon subordonné. Une famille monotypique est une famille qui ne contient qu'un genre, un genre monotypique ne contient qu'une espèce. Un genre monotypique est donc aussi monospécifique.

La famille des Nepenthaceae est monotypique: elle ne contient qu'un seul genre, Nepenthes.

Nomenclature: Acte de donner un nom scientifique, qui sera le nom officiel utilisé par l'ensemble de la communauté scientifique mondiale, à un taxon. Afin d'assurer une cohérence dans la façon de nommer, entre auteurs, institutions et pays, la nomenclature suit un système défini par un code international. Il existe un Code International de Nomenclature Zoologique (CINZ en français ICZN en anglais), et un Code International de Nomenclature Botanique (CINB, ICBN), aux règles légèrement différentes.
Le CINZ stipule par exemple qu'une espèce doit porter un nom constitué de deux mots latins ou latinisés, que deux espèces animales différentes ne peuvent pas porter le même nom, et qu'en cas de conflit (deux espèces différentes avec le même nom, deux noms pour une même espèce), c'est toujours le premier nom valide donné qui prime, même dans les cas où il n'est pas le plus utilisé.

Paraphylétique: Se dit d'un groupe dont la délimitation traditionnelle ne reflète pas les relations de parenté entre organismes vivants, parce qu'il est défini sur des symplésiomorphies et non des synapomorphies: en découle l'exclusion artificielle d'un ou plusieurs taxons qui devraient être inclus dedans pour le rendre monophylétique. Un exemple classique est le groupe des Dinosaures, qui est paraphylétique si l'on en exclut les oiseaux.

D'après cette analyse (Ballesteros et al., 2021), la classe des Arachnides (encadrée en rouge) est paraphylétique, car sa délimitation actuelle exclut artificiellement les Xiphosura (les limules) .

Parcimonie (cladistique en parcimonie): Méthode phylogénétique basée sur le principe de l'économie d'hypothèses (principe du rasoir d'Ockham). La méthode consiste à élaborer tous les arbres de classification possibles des taxons de l'échantillon en se basant sur les états des caractères sélectionnés, puis de choisir l'arbre dont l'obtention nécessite le moins de changements d'états de caractères (de pas évolutifs). Cette méthode se base sur le postulat que, comme toute hypothèse formulée présente le risque d'être fausse, l'arbre qui requiert le moins d'hypothèses de transformations (le moins de pas) est celui qui présente le moins de risques d'être faux. La simplicité de sa logique et sa facilité d'exécution (elle peut se faire sur une simple feuille de papier) fait que cette méthode est fréquemment enseignée comme une initiation à la phylogénie; elle est cependant rarement utilisée (du moins, rarement comme seule ou principale méthode) dans les études actuelles.

Phylogénétique: en rapport avec la phylogénie. Arbre phylogénétique: voir phylogénie.

Phylogénie: Science qui consiste en l'étude de l'histoire évolutive, et la classification, des organismes vivants, en se basant sur leurs relations de parenté. Selon la logique de la phylogénie, plus deux organismes vivants partagent de caractéristiques (états de caractères) communes, plus ils partagent une relation de parenté proche; il est donc logique de les regrouper ensemble.
Par extension, le terme "phylogénie" désigne aussi le résultat de cette méthode, une représentation en arbre (arbre phylogénétique) des relations entre taxons d'un échantillon.

Exemple de phylogénie d'un échantillon de 32 espèces de Squamates (d'après Streicher & Wiens, 2017)

Plésiomorphie: État ancestral d'un caractère, c'est-à dire tel qu'il est chez les groupes extérieurs au clade dont on parle (à l'intérieur du clade, le caractère peut être présent dans le même état ou dans un état modifié, que l'on dit apomorphe). Il s'agit en quelque sorte de l'état "par défaut" du caractère dans l'échantillon considéré.

Au sein des Opisthothelae, l'orientation orthognathe des chélicères est une plésiomorphie: on retrouve cet état de caractère à l'extérieur du groupe, chez son groupe-frère, les Mesothelae. Cette plésiomorphie étant partagée par les Mesothelae et certains groupes d'Opisthothelae, c'est aussi une symplésiomorphie chez les araignées.

Polyphylétique: Se dit d'un groupe à la délimitation artificielle (donc invalide d'un point de vue taxonomique) qui inclut des lignées non directement apparentées, sur la base de similarités superficielles qui sont des convergences évolutives ou des symplésiomorphies, et non des synapomorphies. Un groupe polyphylétique est aussi paraphylétique, puisque l'inclusion artificielle de certains taxons dans le groupe implique que d'autres en sont artificiellement exclus.
Les reptiles tels qu'ils sont traditionnellement délimités (squamates, tortues, crocodiliens, Dinosaures sans les oiseaux, "reptiles mammaliens" sans les mammifères) sont un célèbre exemple de groupe polyphylétique.

Race: Actuellement, la race désigne une lignée animale issue de sélection artificielle, obtenue en élevage par l'action humaine, via une reproduction sélective d'individus choisis exprès parce qu'ils présentent certains critères morphologiques et/ou comportementaux que l'on cherche à "fixer". L'ensemble de ces critères constitue un standard qui définit la race. La race n'est pas un rang taxinomique et ne s'applique qu'aux espèces animales domestiques. Elle ne doit pas être confondue avec les concepts d'espèce et de sous-espèce: malgré les importantes différences de morphologie qui existent entre les différentes races de chiens, toutes appartiennent à la même espèce (Canis lupus, espèce qui inclut également le loup gris sauvage). En botanique, le même concept existe, on parle de cultivar.

Taureau domestique (espèce Bos taurus, sous-espèce Bos taurus taurus) de race English Longhorn

Rangs taxonomiques: Catégories, "boîtes" imbriquées, qui servent à classer le vivant. Le plus petit rang est l'espèce, c'est le seul rang dont la définition cherche à s'ancrer dans une réalité biologique. Les autres rangs sont définis par les rangs subordonnés qu'ils contiennent: un ensemble d'espèces apparentées forme un genre, un ensemble de genres forme une famille, et ainsi de suite. Il existe un nombre limité de rangs (il y en a 10), tandis que le nombre de relations de parenté pouvant être définies par la phylogénie est théoriquement infini. Afin de pallier partiellement au problème, on peut faire des sous-rangs (sous-genre, sous-famille, infra-ordre, sous-ordre, infraclasse etc...) et des super-rangs (superfamille, superordre etc), ou tout simplement des groupes intermédiaires, non assignés à des rangs.

Logique des rangs taxonomiques: "rectangles bleus" est un rang subordonné à (c'est-à dire inclus dans) "rectangles", qui est un rang subordonné à "parallélogrammes", qui est un rang subordonné à "quadrilatères", et ainsi de suite. Ainsi, un rectangle bleu est aussi un rectangle et un polygone, mais tous les polygones ne sont pas des rectangles bleus.

Sous-espèce: Population d'une espèce (non domestique) qui présente des différences suffisamment marquées et constantes d'un individu à l'autre pour être distinguée des autres populations de cette espèce, mais dont les particularités sont jugées insuffisantes pour en faire une espèce à part entière.
Le nom d'une sous-espèce est formé de trois mots: le nom de genre, le nom d'espèce, et le nom de sous-espèce. Exemple: Damaliscus pygargus phillipsi, sous-espèce de l'espèce Damaliscus pygargus. On peut aussi écrire (mais ce n'est pas obligatoire), Damaliscus pygargus ssp. phillipsi. La création d'une sous-espèce dans une espèce qui n'en avait pas engendre forcément la création d'une seconde sous-espèce, dont le nom est identique au nom d'espèce, que l'on appelle sous-espèce nominale, et qui contient le type de l'espèce.
Une espèce n'a pas forcément de sous-espèces.
Exemple: classer certaines populations de l'espèce Damaliscus pygargus comme une sous-espèce appelée Damaliscus pygargus phillipsi implique automatiquement que les autres populations sont maintenant considérées comme une seconde sous-espèce, Damaliscus pygargus pygargus.

Blesbok (Damaliscus pygargus phillipsi, gauche) et bontebok (Damaliscus pygargus pygargus, droite), les deux sous-espèces de l'espèce Damaliscus pygargus

Spécimen: Individu, ou partie d'un individu, que l'on identifie comme appartenant à un taxon donné.

Symplésiomorphie: Plésiomorphie partagée par plusieurs taxons au sein de l'échantillon. Contrairement aux synapomorphies, les symplésiomorphies ne révèlent pas de liens de parenté entre les taxons qui les partagent, car elles représentent l'état "par défaut" du caractère dans le groupe, et non une nouveauté propre à une lignée particulière. (illustration: voir plésiomorphie)

Synapomorphie: État dérivé d'un caractère (apomorphie), partagé et homologue chez plusieurs taxons au sein de l'échantillon, qui révèle donc un lien de parenté entre ces taxons. C'est le partage de synapomorphies qui définit un groupe monophylétique.

Synonyme (en nomenclature): Nom, proposé pour un taxon, qui n'est pas considéré comme valide selon les règles du Code International de Nomenclature. La raison la plus fréquente derrière cette mise en synonymie est tout simplement le fait que le taxon désigné par ce nom proposé existe déjà sous un autre nom (valide) publié antérieurement, ou que celui-ci a été démontré, suite à une analyse plus récente, comme n'étant pas distinct d'un autre taxon déjà existant. Une autre raison courante peut être le fait que le nom, ou la façon dont le taxon est décrit, ne respecte pas les règles fixée par le Code de nomenclature.

Systématique: Science de la classification du vivant. La systématique est une synthèse de la phylogénie, qui regroupe les différents organismes vivants en fonction de ce qui les réunit, et de la taxonomie, qui trie les différents groupes du vivant en fonction de ce qui les distingue.

Taxon: Toute unité de classification considérée comme valide d'un point de vue taxonomique (actuellement, ce critère de validité est la monophylie). Un taxon est donc forcément un groupe monophylétique. "Taxon" ne correspond pas à un rang taxonomique: il peut avoir n'importe quel rang (ou même aucun, puisqu'on peut diviser le vivant en un nombre d'unités monophylétiques plus grand que le plus grand nombre de rangs possible) et tous les rangs sont des taxons. L'espèce Araneus diadematus est un taxon, la famille des Araneidae est un taxon, le règne Metazoa (animaux) est également un taxon. En revanche, les reptiles, groupe polyphylétique, ne constituent pas un taxon. (voir aussi: taxonomie)

Taxonomie (= taxinomie): Méthode classificatoire qui consiste à diviser la diversité du monde vivant en unités (les taxons), et à définir la délimitation de ces unités. La taxonomie fonctionne main dans la main avec la phylogénie, mais constitue la démarche logique inverse de celle-ci: on fait des groupes, définis par la phylogénie, des boîtes dont on cherche à définir les limites. Alors que la phylogénie regroupe les taxons sur ce qu'ils ont en commun (les synapomorphies), la taxonomie établit au contraire des "boîtes" basées sur ce qui distingue les taxons placés à l'intérieur de celles-ci de ceux qui sont à l'extérieur. En taxonomie, le vivant est donc classé en groupes distincts, inclus avec d'autres groupes du même rang dans des groupes plus grands, eux-mêmes inclus dans des groupes plus grands, et ainsi de suite.

Exemple d'objets classés selon la logique de la taxonomie: les objets A et B se distinguent de tous les autres par des caractères inédits (4 angles droits): on peut donc les classer ensemble dans un même taxon ("rectangles"), défini par la présence de 4 côtés et 4 angles droits. Les taxons "ovales", "ronds", "losanges" et "hexagones" sont également définis sur des caractéristiques qui distinguent les objets qu'ils contiennent de tous les autres. Les objets des taxons "rectangles" et "losanges" ont tous 4 côtés, ce qui les différencie de tous les autres, et permet de les regrouper ensemble dans le taxon "quadrilatères", défini par la présence de ces 4 côtés. Les objets des taxons "quadrilatères" et "hexagones" partagent des caractères qui les distinguent de tous les autres; on peut donc les regrouper ensemble dans le taxon "polygones", défini par la présence d'angles.

Type: spécimen, ou groupe de spécimens, déposé(s) dans une collection, utilisé(s) pour décrire une nouvelle espèce ou sous-espèce. C'est à partir du(des) type(s) que sont définis les critères qui caractérisent l'espèce, et, si celle-ci se trouve par la suite divisée en deux espèces ou plus, c'est la population dont les caractéristiques correspondent à celles du type qui gardera le nom original. C'est aussi l'endroit où à été trouvé le type qui deviendra la localité-type.
Il est indispensable (et obligatoire), lors de la description de la nouvelle espèce, d'indiquer clairement la référence du spécimen désigné comme type dans la collection, et de clairement désigner ladite collection, laquelle doit être accessible à qui voudrait la consulter, afin de satisfaire au critère de reproductibilité (voir scientifique).
Normalement, l'espèce doit être définie sur un seul spécimen, que l'on appelle un holotype, qui correspond au premier spécimen trouvé, ou du moins au premier prélevé, de la nouvelle espèce (même s'il n'est pas le plus beau, le plus complet ou le plus représentatif). La diagnose, c'est-à dire la liste des caractéristiques uniques de l'espèce, est basée sur l'holotype.
Il est cependant fréquent que plusieurs spécimens, une série-type, soient décrits; dans ce cas, l'un d'eux sera désigné holotype, et les autres seront des paratypes. Si l'espèce a été décrite sur une série-type sans qu'un holotype ne soit clairement désigné, alors les spécimens de la série seront des syntypes.
Si l'holotype est perdu, détruit, ou si une série-type n'a jamais été clairement désignée, alors un spécimen de l'espèce peut être désigné a posteriori comme type; on appelle cela un lectotype.
Si une espèce est décrite sans spécimens-types, elle ne sera pas considérée comme valide, et le nom proposé pour la désigner sera considéré comme un "nomen nudum". 

Extrait de description d'une nouvelle espèce, avec mention du spécimen choisi comme holotype, et de la collection dans laquelle il est déposé (source: Carbuccia et al., 2020)

Les principaux rangs taxonomiques (par ordre croissant):

Les règles données ici sont celles régissant l'écriture des rangs taxonomiques en zoologie. Les règles de nomenclature botanique sont différentes, et, à beaucoup d'égards, nettement plus strictes.

Espèce: Le plus petit rang taxonomique, et le seul que l'on cherche à définir sur une réalité biologique, c'est le seul rang "qui existe dans la nature". L'espèce est fréquemment définie comme une communauté d'individus vivants interfertiles, mais cette définition n'est en fait pas universelle. Elle a de nombreuses exceptions et, en pratique, il existe presque une notion d'espèce différente pour chaque classe du vivant, même si à peu près toutes sont liées de près ou de loin à ce critère d'interfécondité.
En zoologie, une espèce porte un nom latin (ou latinisé) constitué de deux mots, le nom de genre et l'épithète spécifique (ou nom d'espèce), en italique, suivi du nom du découvreur et de la date de description (en caractères droits). Plusieurs espèces peuvent porter la même épithète, mais la combinaison "nom de genre + épithète" doit être unique. Quand le nom du découvreur et la date sont entre parenthèses, cela signifie que l'espèce a été ultérieurement reclassée, et que le nom actuellement valide n'est pas celui qui a été donné par l'auteur original.

Exemple: l'espèce Argiope lobata (Pallas, 1772). Le nom et la date sont entre parenthèse car Pallas l'avait originellement nommée Aranea lobata; elle a été reclassée plus tard dans le genre Argiope.

Genre: Un ensemble d'espèces plus étroitement apparentées entre elles qu'elles ne le sont à toute autre espèce vivante. Un nom de genre s'écrit en italique et prend une majuscule.

Exemple: le genre Argiope

Famille: Un ensemble de genres plus étroitement apparentés entre eux qu'ils ne le sont à tout autre genre existant. En zoologie, le nom de famille s'écrit en caractères droits, prend une majuscule et se termine par "-idae". La sous-famille, sous-rang subordonné à la famille, se termine par "-inae".

Exemple: la famille des Araneidae

Ordre: Un ensemble de familles plus étroitement apparentées entre elles qu'elles ne le sont à toute autre famille existante. Le nom d'un ordre prend une majuscule, mais il n'existe pas d'autre règle particulière régissant son écriture.

Exemple: l'ordre des Araneae (actuellement, 135 familles)

Classe: Un ensemble d'ordres plus étroitement apparentés entre eux qu'ils ne le sont à toute autre ordre existant. Le nom d'une classe prend une majuscule, mais il n'existe pas d'autre règle particulière régissant son écriture.

Exemple: la classe des Arachnides

Phylum: Un ensemble de classes plus étroitement apparentées entre elles qu'elles ne le sont à toute autre classe existante. Le nom d'un phylum prend une majuscule, mais il n'existe pas d'autre règle particulière régissant son écriture. On appelle aussi ce rang "embranchement". Pluriel: phyla.

Exemple: le phylum des Arthropodes

Règne: Un ensemble de phyla plus étroitement apparentés entre eux qu'ils ne le sont à toute autre phylum existant. Le nom d'un règne prend une majuscule, mais il n'existe pas d'autre règle particulière régissant son écriture.

Exemple: le règne des Metazoa (animaux)

3. Lexique des abréviations couramment utilisées en biologie:

cf.: (confer) employée avec un nom scientifique, elle marque une identification considérée comme très probable, mais où demeure un certain degré d'incertitude (souvent dû à l'existence d'une ou plusieurs espèces très similaires, qui ne peuvent être distinguées à coup sûr que par un critère non visible avec ce qu'on a à disposition). 

Cette araignée présente des caractères (l'absence d'anneaux fins dans les bandes claires des pattes, les "cornes" très marquées sur l'abdomen) qui pointent vers Araneus pallidus, mais seul l'examen de ses pièces génitales peut la distinguer à coup sûr de sa cousine Araneus diadematus. On notera donc  Araneus cf. pallidus.

gr.: (groupe) S'utilise entre le nom de genre et le nom d'espèce (Genre gr.espèce). Indique que l'identification donnée ne désigne pas une espèce, mais un complexe de plusieurs espèces étroitement apparentées et trop semblables pour être distinguées à l’œil nu et/ou avec le matériel disponible (une photo, par exemple). Le gr. a une signification taxinomique (les espèces d'un complexe sont non seulement similaires, mais plus apparentées entre elles qu'elles ne le sont de n'importe quelle autre espèce du genre) et ne s'utilise donc pas n'importe comment. Tous les groupes d'espèces semblables ne sont pas forcément des complexes (par exemple, Araneus diadematus et Araneus pallidus se ressemblent, mais ne forment pas un complexe, on ne pourra donc pas noter Araneus gr.diadematus si l'on se trouve incapable de trancher entre les deux).

Les tégénaires noires, ou tégénaires géantes, constituent un complexe de trois espèces (Eratigena atrica, E. duellica et E. saeva) très étroitement apparentées et impossibles à distinguer à l’œil nu. On les identifie donc comme Eratigena gr.atrica.

s.l.: (sensu lato) abréviation qui veut dire "au sens large". Lorsqu'elle est employée à la suite d'un nom scientifique, elle signifie que le spécimen en question appartient au taxon nommé OU à un autre taxon similaire, étroitement apparenté et anciennement rattaché à celui-ci, mais aujourd'hui considéré comme distinct.

Jusqu'en 2019, Bassaniodes bufo était inclus dans le genre Xysticus. Comme les trois genres se ressemblent, les espèces européennes des genres Bassaniodes, Psammitis, Spiracme et Xysticus, qui étaient toutes incluses dans le genre Xysticus jusqu'en 2019, sont souvent notées Xysticus s.l.

sp.: (species) Cette abréviation signifie "espèce indéterminée". Après un nom de genre, elle indique que l'animal dont on parle est identifié de manière certaine jusqu'au rang du genre, mais que l'on ignore (ou que l'on ne précise pas) de quelle espèce il s'agit à l'intérieur de ce genre.

Il est difficile de distinguer les nombreuses espèces françaises du genre Nemesia à l'oeil nu; comme on ne peut pas savoir  exactement de quelle espèce il s'agit sur cette photo, on notera Nemesia sp.

spp.: (species, le second "p" marquant le pluriel) Après un nom de genre, cette abréviation indique que l'on parle de l'ensemble de celui-ci, donc de toutes les espèces qu'il contient. Elle est souvent confondue avec "sp.", mais ne veut pas dire la même chose.
Exemple: dans la phrase "les Hippasa spp. fabriquent des toiles en nappe", le "spp." indique que toutes les espèces du genre fabriquent des toiles en nappe.
Dans la phrase "Cette Hippasa sp. fabrique une toile en nappe", le "sp." veut dire que cette affirmation concerne une espèce en particulier dans le genre Hippasa, mais que celle-ci n'est pas clairement identifiée.

ssp.:  (subspecies) abréviation indiquant que l'on parle d'une sous-espèce.

s.s.: (sensu stricto) Signifie "au sens strict". Lorsqu'elle est employée à la suite d'un nom scientifique, elle signifie que le spécimen en question appartient au taxon nommé ET PAS à un autre taxon similaire, étroitement apparenté et anciennement rattaché à celui-ci, mais aujourd'hui considéré comme distinct. 

Ce Xysticus sp. n'appartient à aucune des espèces déplacées vers d'autres genres en 2019. On peut donc écrire Xysticus s.s.

4. Paléontologie:

Carbonifère: Cinquième et avant-dernière période du Paléozoïque ("l'ère Primaire"). Temporellement, le Carbonifère s'étend de -358.9 à -298.9 millions d'années. Géologiquement, cette période est marquée par la présence d'une énorme chaîne de montagne (chaîne Hercynienne ou Varisque) qui était alors à son plus haut, qui traversait le supercontinent Pangée. Elle est aussi connue pour ses abondants gisements de charbon (d'où son nom), qui sont les restes fossilisés de forêts marécageuses. Auprès du grand public, le Carbonifère est surtout célèbre pour ses faunes d'Arthropodes, dont certains taxons de très grande taille (cependant, contrairement à une idée largement répandue, ces formes géantes ne représentent qu'une petite partie de la diversité des Arthropodes terrestres de l'époque).
C'est aussi la période qui a vu l'émergence des premiers vertébrés totalement affranchis du milieu aquatique (les amniotes) et des premières araignées (Arthrolycosa wolterbeeki, 310 Ma, la plus ancienne connue à ce jour). 

Cénozoïque: Troisième ère du Phanérozoïque, parfois aussi appelée "ère Tertiaire" (nom désuet), de -66 millions d'années à nos jours (le quaternaire, de -2.6 Ma à nos jours, n'est pas reconnu comme une ère). Le début du Cénozoïque est marqué par la crise Crétacé/Tertiaire, dont la conséquence la plus célèbre est l'extinction de tous les principaux groupes de Dinosaures sauf les oiseaux. On présente souvent le Cénozoïque comme "l'âge des Mammifères", où ceux-ci auraient "remplacé" les dinosaures. Si les mammifères ont effectivement connu une forte diversification au cours du Cénozoïque, cette idée est fausse, car la diversité actuelle des dinosaures (environ 10 000 espèces d'oiseaux) est encore supérieure à celle des mammifères (environ 6000 espèces). De plus, on sait aujourd'hui que les mammifères qui ont côtoyé les dinosaures non-aviens étaient plus diversifiés qu'on ne le pensait. 

Dévonien: Quatrième période de l'ère Paléozoïque, qui s'étend entre -419 et -359 Ma. Il précède le Carbonifère. Le Dévonien est célèbre pour être la période dans laquelle on a retrouvé les premières faunes clairement terrestres, comme dans les cherts de Rhynie (-410 Ma) qui ont livré, entre autres, des fossiles d'arachnides, de collemboles et de myriapodes. C'est aussi vers la fin du Dévonien que l'on retrouve les plus anciens fossiles de vertébrés considérés comme capables de se mouvoir (au moins partiellement) sur la terre ferme, comme Tiktaalik roseae (-375 Ma). 

Ère: Subdivision temporelle de longue durée (centaines de millions d'années) des temps géologiques. Plusieurs ères forment un éon. L'éon Phanérozoïque, par exemple, est divisé en trois ères. Une ère est elle-même divisée en périodes, dont la durée se compte généralement en dizaines de millions d'années. Exemple: l'ère Cénozoïque, troisième ère de l'éon Phanérozoïque, est divisée en trois périodes: le Paléogène (-66 à -23 Ma), le Néogène (-23 à -2.6 Ma) et le Quaternaire (-2.6 Ma à actuel).

Jurassique: Deuxième des trois périodes de l'ère Mésozoïque. Le Jurassique s'étend de -201 à -145 Ma, succédant au Trias et précédant le Crétacé. Parmi les formes de vie les plus célèbres du Jurassique, on peut citer certains des dinosaures les plus connus, comme les genres Diplodocus, Stegosaurus ou Allosaurus.

Un Plésiosaure du Jurassique

Phanérozoïque: Dernier éon (ensemble d'ères) de l'histoire passée de la Terre, encore en cours aujourd'hui. "Phanérozoïque" signifie "l'âge des animaux visibles", car il est caractérisé par la présence, dans son registre fossile, de formes de vie pluricellulaires (même si ce n'est pas durant cet éon que la vie pluricellulaire est née, c'est là qu'elle s'est beaucoup diversifiée). Le début du Phanérozoïque est actuellement placé à -541 millions d'années, au début du Cambrien, marqué par le début de la présence en abondance d'animaux à squelette dans le registre fossile. Le Phanérozoïque est subdivisé en trois ères: le Paléozoïque (-541 à -252 Ma), le Mésozoïque (-252 à -66 Ma) et le Cénozoïque (-66 Ma à l'actuel).

Précambrien: Nom donné au très long (4 milliards d'années) intervalle de temps qui se situe entre la formation de la Terre (inférée à -4.5 milliards d'années environ) et le début du Phanérozoïque (-541 millions d'années). La vie est apparue durant le Précambrien (date inférée à environ -3.5 milliards d'années), cependant ce n'est que vers la fin de cette époque et vers le début du Phanérozoïque, dans les 700 derniers millions d'années, que l'on commence à trouver des traces non ambigües de vie pluricellulaire dans le registre fossile.

Sédimentaire (roche): roche formée à la surface de la Terre, à partir de l'enfouissement de sédiment. Les roches sédimentaires peuvent être détritiques (exemple: grès, brèches, poudingues), c'est à dire formées de matériaux (sable, gravier, galets...) issus de la dégradation de roches pré-existantes, évaporitiques (issues de matériaux restants après évaporation de l'eau, comme les couches de sel, gypse...) ou biogènes, c'est-à-dire formées de restes de l'activité d'organismes vivants (calcaires, charbons...). C'est dans les roches sédimentaires que l'on peut retrouver des fossiles.

Ces falaises calcaires sont constituées de roches sédimentaires, formées par l'accumulation de restes de squelettes de micro-organismes fossiles.

Spéculatif: En paléontologie, se dit d'un trait physique ou comportemental dont on affuble sans preuve directe une forme de vie disparue que l'on cherche à reconstituer. Comme les fossiles ne donnent que des informations limitées sur l'apparence et le mode de vie d'un organisme éteint, cette part de spéculation est une nécessité quand on cherche à imaginer l'aspect qu'avait cet organisme quand il était vivant. Les caractéristiques spéculatives sont généralement basées sur un mélange d'imagination, et de ce que l'on juge probable en se basant sur la connaissance du fossile, des autres formes de vie apparentées à celui-ci, et de ce qui existe dans le reste du monde vivant. 

Toute reconstitution d'un animal disparu inclut une part de caractéristiques spéculatives. Ici, la posture, la corpulence et la coloration de ce Parasaurolophus le sont.

Taphonomie: Décrit l'ensemble des processus (déformation, érosion, remaniement, transport...) qui surviennent entre la mort d'un organisme et le moment où il est retrouvé comme fossile. En d'autres termes, la taphonomie correspond à tout ce qui arrive à un organisme vivant après sa mort. Le mot "taphonomie" désigne aussi la science qui étudie ces processus.

Sauf mention contraire (source entre parenthèses), je suis l'auteur des images illustrant ce blog, qui ne sont pas libres de droits.